Bere funtzioak 1984ko abuztuaren 1eko 1507/1984 Errege Dekretuan onartutako funtzionamendu arauetan aurreikusitakoak dira:

• Estatuko Administrazioaren eta Nafarroako Foru Komunitatearen artean Nafarroako Foru Eraentza Berrezarri eta Hobetzeari buruzko Lege Organikoaren aplikazio eta interpretazioari buruz sortzen diren desadostasunak ebaztea, arau hauetan ezarritakoari jarraikiz.
• Estatuko Administrazioaren eta Nafarroako Foru Komunitatearen arteko lankidetza hitzarmenak sustatzea, eta hitzarmen horien betearazpenari buruz sortzen diren arazoak ebaztea, ekintza judizialak hasi baino lehen.
• Estatuko Gobernuak eta Nafarroako Foru Komunitatekoak adostasunez agintzen dizkioten jarduketak gauzatzea.