Les seves funcions són les previstes en les normes de funcionament aprovades en el Reial decret 1507/1984, d'1 d'agost de 1984:

• Resoldre, conforme al que s'estableix en les presents normes, sobre les discrepàncies que se suscitin entre l'Administració de l'Estat i la Comunitat Foral de Navarra respecte a l'aplicació i interpretació de la Llei orgànica de Reintegració i Amejoramiento del Règim Foral de Navarra.
• Promoure la celebració de convenis de cooperació entre l'Administració de l'Estat i la Comunitat Foral de Navarra, i resoldre sobre les qüestions que puguin plantejar-se en relació amb l'execució d'aquests convenis, amb caràcter previ a l'exercici d'accions judicials.
• Desenvolupar les actuacions que, de comú acord, li encomanin el Govern de la Nació i el de la Comunitat Foral de Navarra.