Sus funciones son las previstas en las normas de funcionamiento aprobadas en el Real Decreto 1507/1984, de 1 de agosto de 1984:

• Resolver, conforme a lo establecido en las presentes normas, sobre las discrepancias que se susciten entre la Administración del Estado y la Comunidad Foral de Navarra respecto a la aplicación e interpretación de la Ley Orgánica de Reintegración y Amejoramiento del Régimen Foral de Navarra.
• Promover la celebración de convenios de cooperación entre la Administración del Estado y la Comunidad Foral de Navarra, y resolver sobre las cuestiones que puedan plantearse en relación con la ejecución de dichos convenios, con carácter previo al ejercicio de acciones judiciales.
• Desarrollar las actuaciones que, de común acuerdo, le encomienden el Gobierno de la Nación y el de la Comunidad Foral de Navarra.