Konposizioa aldatu egiten da landu beharreko gaien arabera, nahiz eta ordezkaritza bakoitzeko bost kide iraunkor dituen. Batzordeburua Estatuko Administrazioa izango da eta Lehendakariordetza Autonomia Erkidegoari dagokio. Ordezkaritza bakoitzak idazkari baten laguntza izango du.

Bere funtzioak 2000ko urriaren 3ko funtzionamendu arauetan aurreikusitakoak dira:

• Arlo sektorial desberdinetan politika komunak garatzeko plan, programa eta jarduera bateratuak bultzatzea eta zehaztea, alde biko ikuspegitik.
• Lankidetza-hitzarmenak bultzatzea, alde biko plan edo programa bateratu bat zehaztea beharrezkoa den eremu materialetan.
• Bi administrazioen jarduerak bat egin dezakeen arloetan elkarri laguntzeko mekanismoak diseinatzea.
• Administrazio bien artean gatazkarik sor ez dadin, jarduketa prebentiboetarako bide izatea.
• Bi administrazioei beren eskumeneko gaietan interesekoak zaizkien arazoak konpontzeko proposamenak egitea.
• Alderdi biei eragiten dien edozein gai aztertzea, eta, bereziki, eskumen-gatazkak prozesutik kanpo konpontzea helburu dutenak edo konpontzen saiatzen direnak.
• Konstituziokontrakotasun-errekurtsoa ekar dezaketen gaiak sorrarazten dituzten lege-mailako arauak –estatukoak nahiz autonomia-erkidegokoak– aztertzea, halakorik jartzea saihesteko akordio batera iristeko, Konstituzio Auzitegiaren urriaren 3ko 2/1979 Lege Organikoaren 33. artikuluan ezarritakoaren esparruan, urtarrilaren 7ko 1/2000 Lege Organikoak emandako idazketan.