IMI sistema hasieratik garatu da, datu pertsonalen tratamendu egokia eta segurtasun orokorra ziurtatuko duten 'pribatutasun diseinutik' printzipioak aplikatuz. Egokitasun hori bermatuz, 2018an Europako ikuskatzaileak IMI aukeratzea eta EEMMetako datuak babesteko agentziek IMI aukeratu dute datuak babesteko erregelamendu orokorrean eskatzen den haien arteko lankidetzarako tresna gisa.

Jarraian agertzen diren dokumentuek eta loturek datuen babesari buruzko informazioa ematen diete herritarrei (haien datuak sisteman tratatzen dira) eta sistemaren erabiltzaileei (haien datuak IMIn erregistratuta daude nahitaez).

• Datuak babesteko jarraibideen laburpena sistema erabiltzen denean agintariek kontuan hartzen dituzten alderdi garrantzitsuenak laburbiltzen dira.
• Datuen babesari buruzko jarraibideak IMIren erabiltzaileentzat

Datuak Babesteko Espainiako Agentziaren arabera (AEPD), gidalerro horien 5. puntuan sartu behar dira ('Zer informazio eman behar diet interesatuei?') bigarren paragrafoan, honako bi puntu hauek:

Eskubide horiek erabiltzeko prozedurak ezartzea.

IMIko koordinatzaile nazionalei eskubide horiek erabiltzeko salbuespenak edo mugak jakinaraztea, Datu Pertsonalak Babesteko 1999ko abenduaren 13ko 15/1999 Lege Organikoaren eta hura garatzeko araudiaren arabera.

• Nahi izanez gero, galdeketak IMI agintariek erabil ditzaketen egungo (galdera-errepertorioak).
• Konfidentzialtasun-adierazpena Bertan azaltzen da zer egiten duen Europako Batzordeak bere ardurapeko sistemaren zatian datu pertsonalen babesa bermatzeko.
• 2017/46 Erabakia 2017ko urtarrilaren 10eko Batzordearena, Europako Batzordearen informazio- eta komunikazio-sistemen segurtasunari buruzkoa