As súas funcións son as previstas nas normas de funcionamento aprobadas no Real Decreto 1507/1984, do 1 de agosto de 1984:

• Resolver, conforme ao establecido nas presentes normas, sobre as discrepancias que se susciten entre a Administración do Estado e a Comunidade Foral de Navarra respecto da aplicación e interpretación da Lei Orgánica de Reintegración e Amejoramiento do Réxime Foral de Navarra.
• Promover a celebración de convenios de cooperación entre a Administración do Estado e a Comunidade Foral de Navarra, e resolver sobre as cuestións que poidan exporse en relación coa execución dos estes convenios, con carácter previo ao exercicio de accións xudiciais.
• Desenvolver as actuacións que, de común acordo, encoméndenlle o Goberno da Nación e o da Comunidade Foral de Navarra.