2004ko uztailaren 19ko funtzionamendu-arauetan aurreikusitako eginkizunak ditu:

• Arlo sektorial desberdinetan politika komunak garatzeko plan, programa eta jarduera bateratuak bultzatzea eta zehaztea, alde biko ikuspegitik.
• Lankidetza-hitzarmenak bultzatzea, alde biko plan edo programa bateratu bat zehaztea beharrezkoa den eremu materialetan.
• Bi administrazioen jarduerak bat egin dezakeen arloetan elkarri laguntzeko mekanismoak diseinatzea.
• Administrazio bien artean gatazkarik sor ez dadin, jarduketa prebentiboetarako bide izatea.
• Bi administrazioei beren eskumeneko gaietan interesekoak zaizkien arazoak konpontzeko proposamenak egitea.
• Alderdi biei eragiten dien edozein gai aztertzea, eta, bereziki, eskumen-gatazkak prozesutik kanpo konpontzea helburu dutenak edo konpontzen saiatzen direnak.
• Konstituzio Auzitegiaren urriaren 3ko 2/1979 Lege Organikoaren 33. artikuluan —urtarrilaren 7ko 1/2000 Lege Organikoak emandako idazkeran— ezarritakoaren esparruan, konstituzio-kontrakotasuneko errekurtsoa ekar dezaketen gaiak eragiten dituzten lege-mailako arauak, Estatukoak nahiz autonomia-erkidegoetakoak, aztertzea, halakorik ez jartzeko.