Konposizioa aldatu egiten da landu beharreko gaien arabera, nahiz eta ordezkaritza bakoitzeko bost kide iraunkor dituen. Batzordearen lehendakaritza Estatuko Administrazioari dagokio; Autonomia Erkidegoari, berriz, Lehendakariordetza. Ordezkaritza bakoitzak idazkari baten laguntza izango du.

Bere funtzioak 2000ko irailaren 20an onartutako Funtzionamendu Arauetan aurreikusitakoak dira

• Arlo sektorial desberdinetan politika komunak garatzeko plan, programa eta jarduera bateratuak bultzatzea eta zehaztea, alde biko ikuspegitik.
• Lankidetza-hitzarmenak bultzatzea, alde biko plan edo programa bateratu bat zehaztea beharrezkoa den eremu materialetan.
• Bi administrazioen jarduerak bat egin dezakeen arloetan elkarri laguntzeko mekanismoak diseinatzea.
• Administrazio bien artean gatazkarik sor ez dadin, jarduketa prebentiboetarako bide izatea.
• Bi administrazioei beren eskumeneko gaietan interesekoak zaizkien arazoak konpontzeko proposamenak egitea.
• Alderdi biei eragiten dien edozein gai aztertzea, eta, bereziki, eskumen-gatazkak prozesutik kanpo konpontzea helburu dutenak edo konpontzen saiatzen direnak.
• Konstituziokontrakotasun-errekurtsoa ekar dezaketen gaiak sorrarazten dituzten lege-mailako arauak, estatukoak nahiz autonomia-erkidegoetakoak, aztertzea, arau horiek jartzea saihesteko akordio batera iristeko, Konstituzio Auzitegiaren urriaren 3ko 2/1979 Lege Organikoaren 33. artikuluan ezarritakoaren esparruan, urtarrilaren 7ko 1/2000 Lege Organikoak emandako idazketan.