Aragoi-Estatua Aldebiko Lankidetza Batzordea paritarioa da, txandakako presidentetza du eta bi aldeen adostasunez hartzen ditu erabakiak. Bi gobernuen arteko harremanetarako tresna nagusia da. Funtzio nagusiak honako hauek dira: estatuko lege-proiektuei, baterako jarduketa eta planei, eskumen-gatazkei eta antzeko gaiei buruz eztabaidatzea eta, hala badagokio, ados jartzea, eta lankidetza-mekanismo sektorialak diseinatzea, betiere Autonomia Erkidegoaren eskumenetan edo interesetan bereziki eragiten badute.

Aragoi-Estatua Aldebiko Lankidetza Batzordeak honako azpibatzorde iraunkor hauek sortu ditu:

• Arauen Jarraipenerako eta Gatazken Prebentziorako eta Konponbiderako Azpibatzordea, bi administrazioen arteko eskumen-gatazkak prebenitzeko eta saihesteko.

• Hitzarmenen eta Parte-hartzearen Azpibatzordea Estatuko eskumen eta erakundeetan, elkarren arteko lankidetzaren eremuan Estatutua garatzeko lanak bultzatzeko.

• Azpiegituren Azpibatzordea.
• Europako Gaietarako eta Kanpo Harremanetarako Azpibatzordea, Aragoiko Erkidegoaren parte-hartzea artikulatzeko EBko gaietan eta Aragoiren eskumenekin zerikusia duten gaietan Estatuaren kanpo-ekintzan.

Aragoi-Estatua Aldebiko Lankidetza Batzordea 2008ko urtarrilaren 9an eratu zen, eta beste sei bilera egin ditu: 2009ko urtarrilaren 8an, 2009ko azaroaren 24an, 2012ko uztailaren 18an, 2012ko urriaren 22an, 2013ko urriaren 2an, 2017ko ekainaren 27an eta 2018ko azaroaren 19an.