A súa composición é variable en función dos temas a tratar, aínda que conta con cinco membros permanentes por parte de cada unha das representacións. A presidencia da Comisión corresponde á Administración do Estado mentres que á Comunidade Autónoma correspóndelle a Vicepresidencia. Cada representación estará asistida por un Secretario.

As súas funcións son as previstas nas Normas de Funcionamento aprobadas o 20 de setembro de 2000

• Impulsar e concretar, desde o punto de vista bilateral, a realización de plans, programas e actuacións conxuntas para o desenvolvemento das políticas comúns nos distintos ámbitos sectoriais.
• Impulsar a celebración de convenios de colaboración naqueles ámbitos materiais nos cales sexa necesaria a especificación dun plan ou programa conxunto de forma bilateral.
• Deseñar mecanismos de colaboración mutua nas distintas áreas en que poida confluír a actividade de ambas as Administracións.
• Servir de cauce de actuaciones de carácter preventivo en el intento de impedir que surjan conflictos entre ambas Administraciones.
• Arbitrar propostas de solución a cuestións que interesen a ambas as Administracións en asuntos da súa competencia.
• Examinar calquera asuntos que afecten a ambas as partes e, en particular, os que teñan por obxecto evitar ou tentar resolver por vía extraprocesual conflitos de competencia.
• Analizar as normas con rango de Lei, estatais ou autonómicos, en relación coas cales se susciten cuestións susceptibles de dar lugar á formulación dun recurso de inconstitucionalidade, co fin de chegar a un acordo que evite a súa interposición, no marco do establecido no artigo 33 da Lei Orgánica 2/1979, do 3 de outubro, do Tribunal Constitucional, na redacción dada pola Lei Orgánica 1/2000, do 7 de xaneiro.