La seva composició és variable en funció dels temes a tractar, encara que compta amb cinc membres permanents per part de cadascuna de les representacions. La presidència de la Comissió correspon a l'Administració de l'Estat mentre que a la Comunitat Autònoma li correspon la Vicepresidència. Cada representació estarà assistida per un Secretari.

Les seves funcions són les previstes en les Normes de Funcionament aprovades el 20 de setembre de 2000

• Impulsar i concretar, des del punt de vista bilateral, la realització de plans, programes i actuacions conjuntes per al desenvolupament de les polítiques comunes en els diferents àmbits sectorials.
• Impulsar la celebració de convenis de col·laboració en aquells àmbits materials en els quals sigui necessària l'especificació d'un pla o programa conjunt de manera bilateral.
• Dissenyar mecanismes de col·laboració mútua en les diferents àrees en què pugui confluir l'activitat de totes dues Administracions.
• Servir de cauce de actuaciones de carácter preventivo en el intento de impedir que surjan conflictos entre ambas Administraciones.
• Arbitrar propostes de solució a qüestions que interessin a totes dues Administracions en assumptes de la seva competència.
• Examinar qualssevol assumptes que afectin de totes dues parts i, en particular, els que tinguin per objecte evitar o intentar resoldre per via extraprocessal conflictes de competència.
• Analitzar les normes amb rang de Llei, estatals o autonòmics, en relació amb les quals se suscitin qüestions susceptibles de donar lloc al plantejament d'un recurs d'inconstitucionalitat, amb la finalitat d'arribar a un acord que eviti la seva interposició, en el marc del que s'estableix en l'article 33 de la Llei orgànica 2/1979, de 3 d'octubre, del Tribunal Constitucional, en la redacció donada per la Llei orgànica 1/2000, de 7 de gener.