A Comisión Bilateral de Cooperación Aragón-Estado é paritaria, ten a presidencia rotatoria e adopta os seus acordos por consenso das dúas partes. Constitúe o instrumento principal de relación entre ambos os Gobernos. As súas funcións principais son a deliberación e, no seu caso, o acordo sobre asuntos como proxectos de lei estatais, actuacións e plans conxuntos, conflitos competenciais, e deseñar mecanismos de colaboración sectoriais, sempre que incidan singularmente nas competencias ou os intereses da Comunidade Autónoma.

A Comisión Bilateral de Cooperación Aragón-Estado creou as seguintes Subcomisións permanentes:

• Subcomisión de Seguimento Normativo, Prevención e Solución de Conflictos, para previr e evitar os conflitos de competencias entre ambas as administracións.

• Subcomisión de Convenios e Participación nas competencias e organismos estatais, para impulsar os traballos de desenvolvemento do Estatuto no ámbito da cooperación mutua.

• Subcomisión de Infraestructuras.
• Subcomisión de Asuntos Europeos e Acción Exterior, para articular a participación da Comunidade de Aragón en asuntos da UE e na acción exterior do Estado en materias que afecten a competencias de Aragón.

A Comisión Bilateral de Cooperación Aragón-Estado constituíuse o 9 de xaneiro de 2008 e celebrou seis reunións máis, o 8 de xaneiro de 2009, o 24 de novembro de 2009, o 18 de xullo de 2012, o 22 de outubro de 2012, o 2 de outubro de 2013, o 27 de xuño de 2017 e o 19 de novembro de 2018.