La Comissió Bilateral de Cooperació Aragó-Estat és paritària, té la presidència rotatòria i adopta els seus acords per consens de les dues parts. Constituïx l'instrument principal de relació entre tots dos Governs. Les seues funcions principals són la deliberació i, si escau, l'acord sobre assumptes com a projectes de llei estatals, actuacions i plans conjunts, conflictes competencials, i dissenyar mecanismes de col·laboració sectorials, sempre que incidisquen singularment en les competències o els interessos de la Comunitat Autònoma.

La Comissió Bilateral de Cooperació Aragó-Estat ha creat les següents Subcomissions permanents:

• Subcomissió de Seguiment Normatiu, Prevenció i Solució de Conflictes, per a previndre i evitar els conflictes de competències entre totes dues administracions.

• Subcomissió de Convenis i Participació en les competències i organismes estatals, per a impulsar els treballs de desenvolupament de l'Estatut en l'àmbit de la cooperació mútua.

• Subcomissió d'Infraestructures.
• Subcomissió d'Assumptes Europeus i Acció Exterior, per a articular la participació de la Comunitat d'Aragó en assumptes de la UE i en l'acció exterior de l'Estat en matèries que afecten de competències d'Aragó.

La Comissió Bilateral de Cooperació Aragó-Estat es va constituir el 9 de gener de 2008 i ha celebrat sis reunions més, el 8 de gener de 2009, el 24 de novembre de 2009, el 18 de juliol de 2012, el 22 d'octubre de 2012, el 2 d'octubre de 2013, el 27 de juny de 2017 i el 19 de novembre de 2018.