Sus funciones son las previstas en las normas de funcionamiento de 19 de julio de 2004:

• Impulsar y concretar, desde el punto de vista bilateral, la realización de planes, programas y actuaciones conjuntas para el desarrollo de las políticas comunes en los distintos ámbitos sectoriales.
• Impulsar la celebración de convenios de colaboración en aquellos ámbitos materiales en los cuales sea necesaria la especificación de un plan o programa conjunto de forma bilateral.
• Diseñar mecanismos de colaboración mutua en las distintas áreas en que pueda confluir la actividad de ambas Administraciones.
• Servir de cauce de actuaciones de carácter preventivo en el intento de impedir que surjan conflictos entre ambas Administraciones.
• Arbitrar propuestas de solución a cuestiones que interesen a ambas Administraciones en asuntos de su competencia.
• Examinar cualesquiera asuntos que afecten a ambas partes y, en particular, los que tengan por objeto evitar o intentar resolver por vía extraprocesal conflictos de competencia.
• Analizar las normas con rango de ley, estatales o autonómicas, en relación con las cuales se susciten cuestiones susceptibles de dar lugar al planteamiento de un recurso de inconstitucionalidad, con el fin de llegar a un acuerdo que evite su interposición, en el marco de lo establecido en el artículo 33 de la Ley Orgánica 2/1979, de 3 de octubre del Tribunal Constitucional, en la redacción dada por la Ley Orgánica 1/2000, de 7 de enero.