Les seves funcions són les previstes en les normes de funcionament de 19 de juliol de 2004:

• Impulsar i concretar, des del punt de vista bilateral, la realització de plans, programes i actuacions conjuntes per al desenvolupament de les polítiques comunes en els diferents àmbits sectorials.
• Impulsar la celebració de convenis de col·laboració en aquells àmbits materials en els quals sigui necessària l'especificació d'un pla o programa conjunt de manera bilateral.
• Dissenyar mecanismes de col·laboració mútua en les diferents àrees en què pugui confluir l'activitat de totes dues Administracions.
• Servir de cauce de actuaciones de carácter preventivo en el intento de impedir que surjan conflictos entre ambas Administraciones.
• Arbitrar propostes de solució a qüestions que interessin a totes dues Administracions en assumptes de la seva competència.
• Examinar qualssevol assumptes que afectin de totes dues parts i, en particular, els que tinguin per objecte evitar o intentar resoldre per via extraprocessal conflictes de competència.
• Analitzar les normes amb rang de llei, estatals o autonòmiques, en relació amb les quals se suscitin qüestions susceptibles de donar lloc al plantejament d'un recurs d'inconstitucionalitat, amb la finalitat d'arribar a un acord que eviti la seva interposició, en el marc del que s'estableix en l'article 33 de la Llei orgànica 2/1979, de 3 d'octubre del Tribunal Constitucional, en la redacció donada per la Llei orgànica 1/2000, de 7 de gener.