Artxiboa 1850eko ekainaren 25eko Errege Aginduaren bidez sortu zen, eta Ogasun Ministerioaren artxibo orokor bat sortzeko agindua eman zen (Colección Legislativa de España, p. 352) Ogasun Publikoaren berrantolaketaren esparruan saileko zerbitzu zentralek sortutako dokumentazio guztia biltzeko. Harrezkero, Madrilgo Alcalá kaleko Aduana Errege Etxearen eta Errenta Orokorren Bulegoen eraikinean dago, Ogasun Ministerioaren ohiko egoitzan.
Gerrak (1936-1939) XIX. mendeko eta XX. mendearen lehen hereneko dokumentu-funtsaren zati handi bat suntsitu zuen. 1944tik aurrera, Artxiboa berreskuratzeko eta antolatzeko aldia hasi zen. 1960ko hamarkadan, funts historikoa deiturikotik Artxibo Historiko Nazionalera eta, ondoren, Administrazioaren Artxibo Orokorrera transferitzeko politikari ekin zitzaion.
