A Comisión Bilateral de Cooperación Xunta de Andalucía-Estado é paritaria, ten a presidencia rotatoria e adopta os seus acordos por consenso das dúas partes. Constitúe o marco xeral e permanente de relación entre ambos os Gobernos. As súas funcións principais son a deliberación e, no seu caso, o acordo sobre asuntos como proxectos de lei estatais, programación da política económica xeral, conflitos competenciais, seguimento da política europea e seguimento da acción exterior do Estado, sempre que incidan singularmente nas competencias ou os intereses da Comunidade Autónoma.
A Comisión Bilateral de Cooperación Xunta de Andalucía-Estado creou as seguintes Subcomisións permanentes:
Subcomisión de Seguimento Normativo, Prevención e Solución de Controversias Competenciais, para previr os conflitos de competencias entre ambas as administracións.
Subcomisión de Colaboración e Cooperación, para impulsar os traballos de desenvolvemento do Estatuto no ámbito da cooperación mutua.
Subcomisión de Asuntos Europeos e Acción Exterior, para articular a participación da Xunta de Andalucía en asuntos da UE e a acción exterior do Estado en materias que afecten a competencias da Comunidade Autónoma.
Subcomisión de Infraestruturas e Equipamentos, para debater sobre as cuestións de interese común en tales ámbitos.
A Comisión Bilateral de Cooperación Xunta de Andalucía-Estado celebrou seis reunións, os días 9 de abril de 2007, 12 de novembro de 2007, 18 de setembro de 2008, 16 de marzo de 2009, 29 de marzo de 2011 e 16 de setembro de 2011.
