Con este Acordo recoñeceuse ás Comunidades Autónomas o dereito a participar na formación da vontade estatal ante as institucións europeas (a chamada “fase ascendente” do proceso), xa que ata entón as Comunidades Autónomas unicamente participaban na execución do Dereito comunitario (é dicir a “fase descendente” do mesmo).
O 9 de decembro de 2004, o CARUE adoptou o Acordo que abriu definitivamente ás Comunidades Autónomas a participación nas catro formacións do Consello da Unión Europea cuxa actividade se relaciona de forma máis significativa coas súas competencias internas, en concreto os Consellos de Ministros de: Emprego, Política Social, Sanidade e Consumidores; Agricultura e Pesca; Medio Ambiente; e Educación, Mocidade e Cultura. O sistema de representación autonómica lévase a cabo mediante a incorporación á Delegación española dun membro, con rango de Conselleiro, ou membro dun Consello dun Goberno autonómico, que representa a todas as Comunidades nos asuntos que afectan as súas competencias. O Pleno das Conferencias Sectoriais concernidas polos asuntos a tratar designa ao representante autonómico, debendo asegurarse tanto a estabilidade (cubrindo cada Comunidade un semestre como mínimo) como a sucesión dos representantes propostos polas distintas Comunidades Autónomas. O representante autonómico designado asume a concertación coa Administración Xeral do Estado, e comprométese a pór a disposición do resto de Comunidades Autónomas a documentación completa sobre o asunto, a mantelas regularmente informadas as negociacións, e a acordar unha posición común co resto de Comunidades Autónomas afectadas. O representante autonómico é membro de pleno dereito da Delegación española para todos os efectos, podendo solicitar o uso da palabra cando se debatan cuestións que afectan as competencias autonómicas e exista unha posición común autonómica.
O acordo aprobado no CARUE do 9 de decembro de 2004 foi modificado posteriormente en tres ocasións: a primeira modificación produciuse na reunión do CARUE do 2 de xullo de 2009, reunión na que se ampliou a participación autonómica a unha quinta formación, a de Competitividade-temas de consumo, xa que, aínda que a participación autonómica xa existía para temas de consumo desde o Acordo de 2004, na práctica estes temas debatíanse no Consello de Competitividade; a segunda modificación acordouse na reunión do CARUE do 15 de abril de 2010, ampliándose a participación autonómica á formación do Consello de Competitividade, dentro do Grupo de Traballo de Establecemento e Servizos, para temas relativos á ordenación do Xogo; por último, a terceira modificación se consensuo na reunión do CARUE do 7 de febreiro de 2011, ampliándose a participación autonómica á formación do Consello de Educación, Mocidade, Cultura e Deporte no relativo a temas de Deporte. Estas modificacións foron publicadas no B.O.E. do 11 de agosto de 2011.
Para facilitar o proceso de participación autonómica, na reunión do CARUE celebrada o 12 de decembro de 2006 acordouse unha Guía de Boas Prácticas que precisa o sistema de transmisión de información ás Comunidades Autónomas, delimita os criterios utilizados para a designación do representante autonómico nos Consellos de Ministros, e regula a coordinación entre as Comunidades Autónomas, e entre estas e o Goberno de España.
