Está constituída dun número igual de representantes por ambas as partes e desempeña funcións de información, coordinación, planificación e colaboración, en relación co exercicio das competencias respectivas; deliberación e proposta sobre a elaboración de proxectos lexislativos do Estado que afecten singularmente a Castela e León; prevención e resolución extraprocesual de conflitos competenciais e calquera outras que promovan a cooperación entre as dúas partes.
A Comisión de Cooperación constituíuse o 10 de xullo de 2008.
Na segunda reunión celebrada o 24 de novembro de 2010 aprobouse o Regulamento de Organización e Funcionamento da Comisión de Cooperación entre a Comunidade de Castela e León e o Estado, que crea catro Subcomisións Permanentes:
- Subcomisión de Seguimento Normativo, Prevención e Solución de Confictos
- Subcomisión de Infraestruturas
- Subcomisión de Desenvolvemento Estatutario
- Subcomisión de Asuntos Europeos e Acción Exterior
