As Comisións Bilaterais de Cooperación fóronse constituíndo a partir de finais dos anos oitenta, sen previsión legal específica, como órganos bilaterais de cooperación entre o Estado e as Comunidades Autónomas, regulándose cada unha delas polas súas respectivas normas internas de funcionamento .
A primeira regulación con rango legal das Comisións Bilaterais de Cooperación produciuse mediante a Lei 30/1992, do 26 de novembro, de Réxime Xurídico e Procedemento Administrativo Común. O artigo 5.2 da mesma definiunas como órganos de cooperación de composición bilateral e de ámbito xeral que reúnen a membros do Goberno, en representación da Administración Xeral do Estado, e a membros do Consello de Goberno, en representación da Administración da respectiva Comunidade Autónoma. A súa creación efectúase mediante acordo, que determina os elementos esenciais do seu réxime.
A estas Comisiones se les atribuyeron nuevas funciones con la reforma del artículo 33 Ley Orgánica del Tribunal Constitucional mediante la Ley Orgánica 1/2000, de 7 de enero, con la finalidad de evitar el planteamiento de conflictos ante el Tribunal Constitucional.
A maior parte dos Estatutos de Autonomía aprobados en 2006, 2007 e 2018, regularon de maneira máis extensa a cooperación bilateral, fundamentalmente a través de Comisións Bilaterais. Desta maneira, os Estatutos de Cataluña, Andalucía, Aragón, Castela e León, Estremadura e Canarias outorgaron maior relevancia ás Comisións Bilaterais de Cooperación, como órganos permanentes de cooperación de carácter xeral. Ademais, os Estatutos de Cataluña, Illes Balears, Andalucía, Aragón e Estremadura crearon outros órganos específicos de cooperáción en materias económico-fiscais.
Posteriormente, a Lei 40/2015, do 1 de outubro, de réxime xurídico de sector público, no seu artigo 153 regula estes órganos de cooperación bilateral, sen prexuízo das peculiaridades que, de acordo con as finalidades básicas previstas, establézanse nos Estatutos de Autonomía en materia de organización e funcións das Comisións Bilaterais.