La Comissió Bilateral de Cooperació Junta d'Andalusia-Estado és paritària, té la presidència rotatòria i adopta els seus acords per consens de les dues parts. Constituïx el marc general i permanent de relació entre tots dos Governs. Les seues funcions principals són la deliberació i, si escau, l'acord sobre assumptes com a projectes de llei estatals, programació de la política econòmica general, conflictes competencials, seguiment de la política europea i seguiment de l'acció exterior de l'Estat, sempre que incidisquen singularment en les competències o els interessos de la Comunitat Autònoma.
La Comissió Bilateral de Cooperació Junta d'Andalusia-Estado ha creat les següents Subcomissions permanents:
Subcomissió de Seguiment Normatiu, Prevenció i Solució de Controvèrsies Competencials, per a previndre els conflictes de competències entre totes dues administracions.
Subcomissió de Col·laboració i Cooperació, per a impulsar els treballs de desenvolupament de l'Estatut en l'àmbit de la cooperació mútua.
Subcomissió d'Assumptes Europeus i Acció Exterior, per a articular la participació de la Junta d'Andalusia en assumptes de la UE i l'acció exterior de l'Estat en matèries que afecten de competències de la Comunitat Autònoma.
Subcomissió d'Infraestructures i Equipaments, per a debatre sobre les qüestions d'interés comú en tals àmbits.
La Comissió Bilateral de Cooperació Junta d'Andalusia-Estado ha celebrat sis reunions, els dies 9 d'abril de 2007, 12 de novembre de 2007, 18 de setembre de 2008, 16 de març de 2009, 29 de març de 2011 i 16 de setembre de 2011.
