En varios puntos da canle do río Agüera atópanse acumulacións de restos vexetais e árbores caídas, así como algúns exemplares con risco de caída. Ademais, localizáronse residuos de orixe antrópico, o que podería provocar obstrucións en determinados tramos da canle.
Os labores contan cun investimento inicial de 27 500 € e lévanse a cabo ao longo de 3,20 km do río.
Estes traballos realízanse a través da empresa pública Tragsa dentro do Programa de mantemento e conservación de canles que desenvolve a Confederación Hidrográfica do Cantábrico fóra das zonas urbanas, xa que nas zonas urbanas os labores de conservación e mantemento de canles son competencia dos concellos.
No ano 2024 o investimento realizado en traballos de conservación e mantemento de canles en Cantabria foi de 1,46 millóns de euros, repartida en 68 actuacións en 41 municipios.