En diversos punts del llit del riu Agüera es troben acumulacions de restes vegetals i arbres caiguts, així com alguns exemplars amb el risc de caiguda. A més, s'han localitzat residus d'origen antròpic, la qual cosa podria provocar obstruccions en determinats trams del llit.
Les labors compten amb una inversió inicial de 27 500 € i es duen a terme al llarg de 3,20 km del riu.
Estos treballs es realitzen a través de l'empresa pública Tragsa dins del Programa de manteniment i conservació de llits que desenvolupa la Confederació Hidrogràfica del Cantàbric fora de les zones urbanes, ja que en les zones urbanes les labors de conservació i manteniment de llits són competència dels ajuntaments.
L'any 2024 la inversió realitzada en treballs de conservació i manteniment de llits a Cantàbria va ser de 1,46 milions d'euros, repartida en 68 actuacions en 41 municipis.