Està constituïda d'un nombre igual de representants per totes dues parts i exerceix funcions d'informació, coordinació, planificació i col·laboració, en relació amb l'exercici de les competències respectives; deliberació i proposta sobre l'elaboració de projectes legislatius de l'Estat que afecten singularment a Castella i Lleó; prevenció i resolució extraprocessal de conflictes competencials i qualssevol altres que promoguen la cooperació entre les dues parts.
La Comissió de Cooperació es va constituir el 10 de juliol de 2008.
En la segona reunió celebrada el 24 de novembre de 2010 s'ha aprovat el Reglament d'Organització i Funcionament de la Comissió de Cooperació entre la Comunitat de Castella i Lleó i l'Estat, que crea quatre Subcomissions Permanents:
- Subcomissió de Seguiment Normatiu, Prevenció i Solució de Confictos
- Subcomissió d'Infraestructures
- Subcomissió de Desenvolupament Estatutari
- Subcomissió d'Assumptes Europeus i Acció Exterior
