Arquivo histórico de titularidade estatal xestionado polo Ministerio de Defensa (Exército de Terra), foi declarado Arquivo Nacional no Real Decreto 2598/1998, do 4 de decembro (Regulamento de arquivos militares).
En agosto de 1969 ingresa no Arquivo parte da documentación repatriada de Guinea Ecuatorial tras a súa independencia en outubro de 1968, remitida pola súa Comisión Liquidadora, dependente de Presidencia de Goberno, e que contiña basicamente expedientes de reservistas e da Garda Colonial deses territorios.
Desde 1970 comezará a recibir regularmente desde todas as Zonas de Recrutamento (desde 1986 Centros de Recrutamento) os expedientes de reservistas ou expedientes regulamentarios de tropa, que con anterioridade remitían as Zonas de Recrutamento ao arquivo de Segovia. Desde entón continuouse recibindo anualmente a documentación do persoal de tropa que pasa á situación de licenza absoluta.
Entre 1981 e 1982 uns cinco mil cartapacios con expedientes persoais de xenerais, xefes, oficiais, asimilados e persoal civil e expedientes da Instrución Preliminar superior (IPS) recibidos en Guadalaxara procedentes de centros e unidades militares do Exército de Terra foron remitidos a Segovia. A falta de espazo no Arquivo Xeral Militar de Segovia impulsou a transferencia, entre 1981 e 1984, ao de Guadalaxara de parte da antiga Sección 7ª do arquivo, máis de quince mil cartapacios con expedientes de Zonas de Recrutamento e Caixas de Recruta, ademais de dúas mil cartapacios con expedientes do grupo de fondos de batallóns disciplinarios e os expedientes de estranxeiros recluídos no Campo de Concentración de Miranda de Ebro.
En 1985 a Asesoría Xurídica do Exército envía o arquivo da Comisión Central de Exame de Penas e nese mesmo ano recíbense os testemuños do Consello Supremo de Xustiza Militar.
Desde os anos noventa recibiranse, ademais, os expedientes persoais das UCOS disoltas (Unidades, Centros e Organismos); expedientes de mutilados falecidos desde a Dirección Xeral de Mutilados, e desde os 2000 expedientes de reclusos (prisións militares de Montjuich, Alcalá de Henares e Santa Catalina), expedientes da Garda Moura e expedientes de europeos do Rexemento da Garda do Xefe do Estado (Garda Real), expedientes procesuais do Campo de Concentración A Alcazaba de Zeluán, así como o fondo da 1ª Agrupación de Batallóns Disciplinarios de Soldados Traballadores Penados (Agrupación de Marrocos), estes últimos transferidos en 2011 desde os Arquivos Intermedios Militares de Melilla e Ceuta.
Na actualidade, os ingresos de fondos que se reciben no Arquivo Xeral Militar de Guadalaxara, proceden, na súa maioría, dos arquivos intermedios, aínda que tamén se reciben expedientes regulamentarios a intercalar que producen as Áreas de Recrutamento das Delegacións e Subdelegacións de Defensa
