Arxiu històric de titularitat estatal gestionat pel Ministeri de Defensa (Exèrcit de Terra), va ser declarat Arxiu Nacional en el Reial decret 2598/1998, de 4 de desembre (Reglament d'arxius militars).
A l'agost de 1969 ingressa en l'Arxiu parteix de la documentació repatriada de Guinea Equatorial després de la seua independència a l'octubre de 1968, remesa per la seua Comissió Liquidadora, dependent de Presidència de Govern, i que contenia bàsicament expedients de reservistes i de la Guàrdia Colonial d'eixos territoris.
Des de 1970 començarà a rebre regularment des de totes les Zones de Reclutament (des de 1986 Centres de Reclutament) els expedients de reservistes o expedients reglamentaris de tropa, que amb anterioritat remetien les Zones de Reclutament a l'arxiu de Segòvia. Des de llavors s'ha continuat rebent anualment la documentació del personal de tropa que passa a la situació de llicència absoluta.
Entre 1981 i 1982 uns cinc mil lligalls amb expedients personals de generals, caps, oficials, assimilats i personal civil i expedients de la Instrucció Preliminar superior (IPS) rebuts a Guadalajara procedents de centres i unitats militars de l'Exèrcit de Terra van ser remesos a Segòvia. La falta d'espai en l'Arxiu General Militar de Segòvia va impulsar la transferència, entre 1981 i 1984, al de Guadalajara de part de l'antiga Secció 7a de l'arxiu, més de quinze mil lligalls amb expedients de Zones de Reclutament i Caixes de Recluta, a més de dues mil lligalls amb expedients del grup de fons de batallons disciplinaris i els expedients d'estrangers reclosos en el Camp de Concentració de Miranda de Ebro.
En 1985 l'Assessoria Jurídica de l'Exèrcit envia l'arxiu de la Comissió Central d'Examen de Penes i en eixe mateix any es reben els testimoniatges del Consell Suprem de Justícia Militar.
Des dels anys noranta es rebran, a més, els expedients personals de les UCOS dissoltes (Unitats, Centres i Organismes); expedients de mutilats morts des de la Direcció General de Mutilats, i des del 2000 expedients de reclusos (presons militars de Montjuich, Alcalá de Henares i Santa Catalina), expedients de la Guàrdia Mora i expedients d'europeus del Regiment de la Guàrdia del Cap de l'Estat (Guàrdia Real), expedients processals del Camp de Concentració L'Alcazaba de Zeluán, així com el fons de la 1a Agrupació de Batallons Disciplinaris de Soldat Treballadors Penats (Agrupació del Marroc), aquests últims transferits en 2011 des dels Arxius Intermedis Militars de Melilla i Ceuta.
En l'actualitat, els ingressos de fons que es reben en l'Arxiu General Militar de Guadalajara, procedeixen, en la seua majoria, dels arxius intermedis, encara que també es reben expedients reglamentaris a intercalar que produïxen les Àrees de Reclutament de les Delegacions i Subdelegacions de Defensa
