El acta de constitución de la Comisión concibe este órgano como foro o punto de encuentro de ambas Administraciones, y por ello, como un instrumento de colaboración entre las mismas, a fin de buscar soluciones para las necesidades de adecuación de ambas ciudades al funcionamiento del Estado autonómico, impulsar programas y posibles actuaciones conjuntas para el desarrollo de políticas comunes en los distintos ámbitos sectoriales, y servir de cauce de actuaciones de carácter preventivo en el intento de evitar que surjan conflictos entre ambas Administraciones, y arbitrar propuestas de solución a cuestiones que interesen a las citadas Administraciones en asuntos de su competencia.