La AGET es la encargada de ejercer la actividad del Estado de forma desconcentrada en el territorio, correspondiendo al Delegado del Gobierno la dirección de la misma en el ámbito autonómico y su coordinación con la Administración de la Comunidad Autónoma.
La Ley 40/2015, de 1 de octubre, fija una estructura de la Administración General del Estado en el Territorio que prevé la integración de servicios periféricos ministeriales en las Delegaciones y Subdelegaciones del Gobierno y Direcciones Insulares, así como la consiguiente supresión de los órganos cuyos servicios se integren.
No obstante, se prevé la no integración de servicios por singularidades de sus funciones o por el volumen de gestión.
La Administración General del Estado en el Territorio tiene un valor esencial e insustituible en términos de eficacia, información y representación del Estado en el territorio.