La Secretaría General Técnica se estructura en las siguientes subdirecciones generales:
- La Vicesecretaría General Técnica: Álvaro Cañoto Getino
- La Subdirección General de Informes sobre Asuntos de Política Territorial: Sofía Serrano Martín
- La Subdirección General de Recursos, Publicaciones y Documentación: Mª Belén España Martí