El entrecruzamiento competencial y la atribución de responsabilidades en los diferentes ámbitos de la actividad administrativa a diferentes niveles políticos da lugar a situaciones complejas que requieren de la concertación y el acuerdo entre el Estado y las Comunidades Autónomas. Para atender esta realidad, los instrumentos de cooperación tienen el objetivo de garantizar la coherencia del sistema descentralizado, evitar duplicidades o solapamientos de las funciones que se llevan a cabo y garantizar el uso eficiente de los medios humanos y materiales de las diferentes Administraciones.
Cooperación Estado-Comunidades Autónomas
Las Conferencias Sectoriales son órganos de cooperación multilateral que actúan sobre un sector concreto de actividad pública. Están integradas por el titular del Departamento Ministerial competente y por todos los Consejeros de los Gobiernos autonómicos responsables de la misma materia
Los convenios de colaboración son acuerdos entre la Administración del Estado y una o varias Comunidades Autónomas. Constituyen un instrumento de cooperación de uso frecuente en el Estado Autonómico por la libertad contractual característica de esta figura, que le otorga una especial idoneidad y flexibilidad para atender situaciones específicas que requieren el acuerdo entre el Estado y una determinada Comunidad Autónoma.
La cooperación financiera del Estado para el desarrollo de actuaciones que competencialmente corresponden a las Comunidades Autónomas cuenta con una regulación, básicamente procedimental y prevista en el artículo 86 de la Ley General Presupuestaria. Mediante este procedimiento el Estado aporta recursos financieros para la realización de políticas autonómicas.
Son órganos de cooperación de carácter bilateral, formados por representantes del Estado y de una única Comunidad Autónoma para el tratamiento de temas de contenido general o específico.