La cooperación transfronteriza recibió en 2006 un importante respaldo de la Unión Europea mediante la creación de la figura jurídica de las Agrupaciones Europeas de Cooperación Territorial (AECT). Son reguladas por el Reglamento (CE) nº 1082/2006, del Parlamento Europeo y del Consejo, de 5 de julio.
Este Reglamento ha sido modificado por el Reglamento (UE) nº 1302/2013 del Parlamento Europeo y del Consejo, de 17 de diciembre, de modificación del anterior en lo que se refiere a la clarificación, a la simplificación y a la mejora de la creación y el funcionamiento de tales agrupaciones.