Sus funciones son las previstas en las Normas de funcionamiento de 25 de noviembre de 2005:

• Examinar, debatir y, en su caso, alcanzar acuerdos sobre iniciativas y asuntos que, carezcan de una instancia multilateral para su tratamiento.
• Impulsar y concretar, desde el punto de vista bilateral, aquellos instrumentos de colaboración que permitan la realización de iniciativas conjuntas de mutuo interés.
• Analizar los traspasos de funciones y servicios a la Comunidad Autónoma, bien para proponer soluciones a los problemas planteados en los ya acordados, bien para establecer la prioridad y calendario de negociación de nuevos traspasos.
• Servir de cauce de actuaciones de carácter preventivo que eviten la formalización de controversias competenciales.
• Examinar y, en su caso, acordar las actuaciones que permitan resolver por vía extraprocesal conflictos positivos de competencia y recursos de inconstitucionalidad.
• Analizar las normas con rango de ley, susceptibles de dar lugar al planteamiento de un recurso de inconstitucionalidad, con el fin de llegar a un acuerdo que evite su interposición, según lo establecido en el artículo 33.2 LOTC