Les seues funcions són les previstes en les Normes de funcionament de 25 de novembre de 2005:

• Examinar, debatre i, si escau, aconseguir acords sobre iniciatives i assumptes que, manquen d'una instància multilateral per al seu tractament.
• Impulsar i concretar, des del punt de vista bilateral, aquells instruments de col·laboració que permeten la realització d'iniciatives conjuntes de mutu interés.
• Analitzar els traspassos de funcions i serveis a la Comunitat Autònoma, bé per a proposar solucions als problemes plantejats en els ja acordats, bé per a establir la prioritat i calendari de negociació de nous traspassos.
• Servir de cauce de actuaciones de carácter preventivo que eviten la formalización de controversias competenciales.
• Examinar i, si escau, acordar les actuacions que permeten resoldre per via extraprocessal conflictes positius de competència i recursos d'inconstitucionalitat.
• Analitzar les normes amb rang de llei, susceptibles de donar lloc al plantejament d'un recurs d'inconstitucionalitat, amb la finalitat d'arribar a un acord que evite la seua interposició, segons el que s'estableix en l'article 33.2 LOTC