L'acta de constitució de la Comissió concep aquest òrgan com a fòrum o punt de trobada de totes dues Administracions, i per això , com un instrument de col·laboració entre aquestes, a fi de buscar solucions per a les necessitats d'adequació de totes dues ciutats al funcionament de l'Estat autonòmic, impulsar programes i possibles actuacions conjuntes per al desenvolupament de polítiques comunes en els diferents àmbits sectorials, i servir de llit d'actuacions de caràcter preventiu en l'intent d'evitar que sorgeixin conflictes entre totes dues Administracions, i arbitrar propostes de solució a qüestions que interessin a les citades Administracions en assumptes de la seva competència.