La Dirección General de la Administración General del Estado en el Territorio estará integrada por las siguientes unidades con nivel orgánico de Subdirección General:

• Subdirección General de Relaciones Institucionales de la Administración General del Estado en el Territorio: Mª del Carmen de la Viuda Sainz.
• Subdirección General de Coordinación de la Administración General del Estado en el Territorio: Pilar González Puente.
• Subdirección General de Recursos Humanos de la Administración General del Estado en el Territorio: Luis Hernández Jiménez-Casquet.
• Subdirección General de Administración Financiera y Patrimonio de la Administración General del Estado en el Territorio: Fidel Daniel Martínez Bonil.
• Inspección de Servicios de la Administración General del Estado en el Territorio: Esther Herrera González.
• División de Tecnologías de la Información de la Administración General del Estado en el Territorio: Lilian García Martínez