La Direcció General de l'Administració General de l'Estat en el Territori estarà integrada per les següents unitats amb nivell orgànic de Subdirecció General:

• Subdirecció General de Relacions Institucionals de l'Administració General de l'Estat en el Territori: Mª del Carmen de la Vídua Sainz.
• Subdirecció General de Coordinació de l'Administració General de l'Estat en el Territori: Pilar González Puente.
• Subdirecció General de Recursos Humans de l'Administració General de l'Estat en el Territori: Luis Hernández Jiménez-Casquet.
• Subdirecció General d'Administració Financera i Patrimoni de l'Administració General de l'Estat en el Territori: Fidel Daniel Martínez Bonil.
• Inspecció de Serveis de l'Administració General de l'Estat en el Territori: Esther Herrera González.
• Divisió de Tecnologies de la Informació de l'Administració General de l'Estat en el Territori: Lilian García Martínez