La Secretaria d'Estat de Política Territorial és l'òrgan superior del Departament al qual correspon, sota la superior direcció de la persona titular del Ministeri, l'impuls, direcció i gestió de la política del Govern referent a l'organització i activitat territorial de l'Estat, a l'Administració General de l'Estat en el territori, així com a les relacions institucionals amb les comunitats autònomes i les entitats locals.
Asimismo, correspon a la Secretaria d'Estat de Política Territorial l'impuls i coordinació de la Conferència de Presidents, així com la Presidència del Consell de les Llengües Oficials en l'Administració General de l'Estat.
Secretària d'Estat de Política Territorial: Miryam Álvarez Páez
Gabinet: Inmaculada Algarra Solís
Órgano directiu dependent: