La Secretaria General de Coordinació Territorial és l'òrgan directiu al qual correspon, sota l'autoritat de la persona titular de la Secretaria d'Estat de Política Territorial, l'impuls i la coordinació de les competències atribuïdes al departament referents a la política territorial, tant autonòmica com local.

A més, competeix a la Secretaria General de Coordinació Territorial, sota l'autoritat de la persona titular de la Secretaria d'Estat de Política Territorial, les funcions en l'àmbit europeu i internacional de les competències atribuïdes al departament en les matèries referents a la política territorial, tant autonòmica com local.

Secretaria General de Coordinación Territorial: Miryam Álvarez Páez

Gabinet Tècnic: Inmaculada Algarra Solis

De la Secretaria General de Coordinació Territorial depenen els següents òrgans directius:

• Direcció General de Cooperació Autonòmica i Local: Rafael Francisco Briet Seguí

• Direcció General de Règim Jurídic Autonòmic i Local: Gonzalo Díaz Millán

• Direcció General de l'Administració General de l'Estat en el Territori: Agustín Torres Herrero

• Subdirecció General de Relacions Europees i Internacionals: Alfonso Carlos García Romero.