L'acta constitutiva de la Comissió concep a este òrgan com a fòrum o punt de trobada de totes dues Administracions, i per això, com un instrument de col·laboració entre aquestes, a fi d'impulsar programes i possibles actuacions conjuntes per al desenvolupament de polítiques comunes en els diferents àmbits sectorials, i servir de llit d'actuacions de caràcter preventiu en l'intent d'evitar que sorgisquen conflictes entre totes dues Administracions, i arbitrar propostes de solució a qüestions que interessen a les citades Administracions en assumptes de la seua competència.

A aquest efecte, la Comissió podrà examinar qualssevol assumptes que afecten de totes dues parts, i en particular, els que tinguen per objecte evitar o intentar resoldre per via extraprocessal conflictes de competències, així com dissenyar mecanismes de col·laboració mútua en les diferents àrees en què, puga confluir l'activitat de totes dues Administracions.