Les seues funcions són les previstes en les Normes de Funcionament de 10 de març de 2003:

• Impulsar i concretar, des del punt de vista bilateral, la realització de plans, programes i actuacions conjuntes per al desenvolupament de les polítiques comunes en els diferents àmbits sectorials.
• Impulsar la celebració de convenis de col·laboració en aquells àmbits materials en els quals siga necessària l'especificació d'un pla o programa conjunt de manera bilateral.
• Dissenyar mecanismes de col·laboració mútua en les diferents àrees en què puga confluir l'activitat de totes dues Administracions.
• Servir de cauce de actuaciones de carácter preventivo en el intento de impedir que surjan conflictos entre ambas Administraciones.
• Arbitrar propostes de solució a qüestions que interessen a totes dues Administracions en assumptes de la seua competència.
• Examinar qualssevol assumptes que afecten de totes dues parts i, en particular, els que tinguen per objecte evitar o intentar resoldre per via extraprocessal conflictes de competència.
• Analizar las normas con rango de ley, estatales o autonómicas, en relación con las cuales se susciten cuestiones susceptibles de dar lugar al planteamiento de un recurso de inconstitucionalidad, con el fin de llegar a un acuerdo que evite su interposición, en el marco de lo establecido en el artículo 33 de la Ley Orgánica 2/1979, de 3 de octubre del Tribunal Constitucional, en la redacción dada por la Ley Orgánica 1/2000, de 7 de enero.