A Dirección Xeral de Cooperación Autonómica e Local estará integrada polas seguintes unidades con nivel orgánico de Subdirección Xeral:
- A Subdirección Xeral de Cooperación Autonómica: Icíar Pérez-Baroja Verde.
- A Subdirección Xeral de Relacións Bilaterais coas Comunidades: Autónomas: Jorge García Carreño.
- A Subdirección Xeral de Cooperación Local: Agustín Díez Quesada.