La Direcció General de Cooperació Autonòmica i Local estarà integrada per les següents unitats amb nivell orgànic de Subdirecció General:

• La Subdirecció General de Cooperació Autonòmica: Icíar Pérez-Baroja Verd.
• La Subdirecció General de Relacions Bilaterals amb les Comunitats: Autònomes: Jorge García Carreño.
• La Subdirecció General de Cooperació Local: Agustín Díez Quesada.